Το εκπαιδευτικό πρόγραμμα «Στα νεολιθικά πατήματα…» απευθύνεται σε μαθητές Γ΄ και Δ΄ τάξης του Δημοτικού και στοχεύει στη γνωριμία των παιδιών με τον νεολιθικό πολιτισμό. Σκοπός του προγράμματος είναι να εξοικειωθούν τα παιδιά με τη Νεολιθική Συλλογή Αρχαιοτήτων του Μουσείου και να αντλήσουν πληροφορίες για την καθημερινή ζωή και τις συνήθειες των προϊστορικών ανθρώπων. Για την επίτευξη των στόχων αυτών αξιοποιούνται η παρατήρηση, η διαλογική και βιωματική προσέγγιση, το παιχνίδι ρόλων, η έρευνα στον εκθεσιακό χώρο με τη βοήθεια εκπαιδευτικού φυλλαδίου για την εύρεση αγγείων, εργαλείων, ειδωλίων και κοσμημάτων της νεολιθικής εποχής, η απτική επαφή με αντίγραφα νεολιθικών αντικειμένων και η αναπαράσταση μιας ανασκαφικής έρευνας με νεολιθικά ευρήματα. Μέσα από τη σύγκριση με το σήμερα τα παιδιά διαπιστώνουν τη διαχρονικότητα των βασικών αναγκών του ανθρώπου.