Ο «Στοχαστής», το αρχαιότερο σύμβολο της ανδρικής φύσης και σκέψης υποδέχεται τους επισκέπτες στην Αίθουσα 5. Το νήμα της μακραίωνης περιήγησης ξεκινά από την «πέτρινη» Νεολιθική Εποχή με την ευρύχωρη προθήκη της οικοσκευής ενός τυπικού σπιτιού εκείνου του πολιτισμού. Το αποθηκευτικό πιθάρι, οι ίδιοι οι καρποί, απανθρακωμένοι πια, τα πήλινα σκεύη και τα εργαλεία σε θαυμαστή πολυμορφία αναπλάθουν εικόνες της καθημερινής ζωής. Στο μέσο μια χύτρα μαγειρέματος ακουμπά στο χώρο που θα έκαιγε η φωτιά του σπιτιού. Στη συνέχεια, το νήμα ξετυλίγεται με εύληπτες ενότητες και επεξηγηματικά κείμενα στις προθήκες με τα πήλινα σκεύη – άλλοτε αριστουργήματα και άλλοτε καθημερινά και ευτελή – όπως αυτά εξελίχθηκαν για τρεις χιλιετίες στην εύφορη γη της Θεσσαλίας και της Στερεάς Ελλάδας.

Ακολουθούν οι προθήκες των ειδωλίων. Η πολυσύνθετη και κατανοητή παρουσίαση των μικρών ανθρωπόμορφων και ζωόμορφων δημιουργημάτων ακολουθεί τη χρονολογική αλληλουχία και προβάλλει τους βασικούς τύπους. Τα έργα εντυπωσιάζουν με την πολυμορφία και την ποικιλία τους και υποψιάζουν τον επισκέπτη για το μυστήριο της ανθρώπινης έμπνευσης και πολυσημίας. Το νήμα γλιστρά από τη λάμψη του χρυσού μπροστά στο Νεολιθικό Θησαυρό, θαυμαστό για την υψηλή του αφαίρεση και τελειώνει στα πολλά, ακονισμένα εργαλεία, στα αιχμηρά όπλα και στα περίτεχνα κοσμήματα.

Ο επισκέπτης εισάγεται στην εποχή των μετάλλων – από την αρχή της τρίτης χιλιετίας ως τα μισά της δεύτερης – με τα εντυπωσιακά διαδήματα και τα άλλα κοσμήματα του ΒΑ Αιγαίου από την Πολιόχνη της Λήμνου και την πολυύμνητη Τροία, καθώς και με τη χρυσάργυρη πολυτέλεια των κοσμημάτων της Λευκάδας. Την ίδια εποχή, το μεγάλο πιθάρι, η φορητή εστία και τα ευφάνταστα κεραμεικά σύνολα των σπιτιών και των τάφων της Αττικής συνυπάρχουν με τα ταξιδεμένα κυκλαδικά σκεύη, ως άλλες γέφυρες πολιτισμών. Το νήμα ξετυλίγεται μέχρι το τέλος μπροστά στα σύνολα των Μεσοελλαδικών τάφων του Διμηνίου, όπου παρουσιάζονται τα τελευταία και αιώνια δώρα στους νεκρούς, αλλά και μπροστά στα αγγεία από τον Ορχομενό και τις Αφίδνες, σε μια περίοδο που προοιωνίζει την εμφάνιση των βασιλικών τάφων των Μυκηνών στην αυγή της νέας εποχής.