Ο αρχαίος Αιγυπτιακός πολιτισμός είναι ο μόνος από τους μεγάλους πολιτισμούς της Μεσογείου, εκτός του ελληνικού, που ήδη από το 1890 αντιπροσωπεύεται στο Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο.

Η εμπλουτισμένη επανέκθεση περιλαμβάνει τα αντικείμενα της προηγούμενης έκθεσης (1994-2002), καθώς και ένα σημαντικό αριθμό νέων αντικειμένων, που βλέπουν για πρώτη φορά το φως της δημοσιότητας. Τα εκθέματα (αγάλματα, ειδώλια, στήλες, σαρκοφάγοι, περιβλήματα μουμιών, μούμιες ζώων, αγγεία, ταφικά κιβώτια, πορτρέτα Φαγιούμ, κοσμήματα κ.ά) καλύπτουν όλες τις χρονικές περιόδους του Αιγυπτιακού πολιτισμού. Η νέα έκθεση έχει στόχο τη γνωριμία του επισκέπτη με την καθημερινή ζωή των αρχαίων Αιγυπτίων. Τα αντικείμενα ερμηνεύονται με βάση τη χρήση τους, ενώ ιδιαίτερη θέση στην έκθεση κατέχουν οι ταφικές πρακτικές καθώς και η θρησκεία των αρχαίων Αιγυπτίων. Παράλληλα, επισημαίνεται η στενή σχέση κατά την αρχαιότητα μεταξύ του Ελληνικού και του Αιγυπτιακού πολιτισμού.

Η έκθεση είναι διαρθρωμένη χρονολογικά. Κάθε χρονολογική ενότητα υποδιαιρείται σε θεματικές ενότητες, όπως εξουσία, λατρεία –τελετουργίες, ταφικά έθιμα και δοξασίες, καθημερινή ζωή, μαγεία κ.ά.. Παράλληλα, υπάρχουν και ανεξάρτητες, διαχρονικές θεματικές ενότητες με θέμα τη μουσική, τους σκαραβαίους και τη γραφή.

Η πρώτη αίθουσα (Αίθουσα 41) καλύπτει την ιστορία του Αιγυπτιακού πολιτισμού από την Προδυναστική εποχή (4000 π.Χ.) έως και το Νέο Βασίλειο (1550-1070 π.Χ.). Η αίθουσα αυτή εισάγει τον επισκέπτη στον κόσμο της Αιγύπτου, γνωρίζοντάς του τις κυριότερες πτυχές της καθημερινότητας, όπως τη λατρεία, τη μαγεία, την τέχνη, τη θρησκεία και τα ταφικά έθιμα.

Η δεύτερη αίθουσα (Αίθουσα 40) καλύπτει την ιστορία του Αιγυπτιακού πολιτισμού από την Τρίτη Μεταβατική περίοδο (1070 π.Χ.) έως και τη Ρωμαϊκή εποχή (30 π.Χ.-311 μ.Χ.). Πρόκειται για μια πολύ σημαντική περίοδο στην Αίγυπτο. Ο επισκέπτης έχει τη δυνατότητα να θαυμάσει τις σαρκοφάγους και τα ταφικά αντικείμενα, μοναδικά στην Αιγυπτιακή τέχνη, να γνωρίσει τους πολυάριθμους θεούς της αρχαίας Αιγύπτου και επιπλέον, μέσα από ίδια τα εκθέματα να αναγνωρίσει τη στενή σχέση μεταξύ του Ελληνικού και του αιγυπτιακού πολιτισμού.