Στην Αίθουσα 6 εκτίθεται η Κυκλαδική Συλλογή του Εθνικού Μουσείου, η οποία περιλαμβάνει μοναδικά ευρήματα από όλες τις περιόδους του Κυκλαδικού πολιτισμού.

Εκτίθενται κατά χρονολογική σειρά τα ευρήματα της πρωτοκυκλαδικής, κατ΄αρχήν, περιόδου που προέρχονται από τα νεκροταφεία της Πάρου, Αντιπάρου, Δεσποτικού, Μήλου (ΠΚΙ περίοδος) με χαρακτηριστικά τα μαρμάρινα σκεύη (“καντήλες”, παλέτες) τα μαρμάρινα βιολόσχημα ειδώλια και την χαρακτή κεραμεική. Στη συνέχεια τα ευρήματα από τα νεκροταφεία της Νάξου, Σύρου, Αμοργού, Σίφνου, κατά κύριο λόγο της ΠΚΙΙ περιόδου, με χαρακτηριστικά τα μαρμάρινα ειδώλια με διπλωμένα χέρια και την κεραμεική με έντυπες σπείρες και τρίγωνα ή ζωγραφική διακόσμηση.

Στην είσοδο της αίθουσας υποδέχονται τους επισκέπτες τα κορυφαία έργα του πρωτοκυκλαδικού πολιτισμού, το μεγαλύτερο μέχρι τώρα γυναικείο άγαλμα, οι δύο μουσικοί της Κέρου, ο αρπιστής και ο αυλητής και τα πιο χαρακτηριστικά από τα μαρμάρινα ειδώλια.

Έργα λιθοτεχνίας όχι μόνο από λευκό μάρμαρο αλλά και από άλλους πολύχρωμους λίθους ή ορεία κρύσταλλο καθώς και έργα μεταλλοτεχνίας κατά κατηγορίες εργαλείων και όπλων, προβάλλονται ιδιαίτερα. Ακολουθούν τα ευρήματα από τους οικισμούς και η εξέλιξη της κεραμεικής.

Η Μεσοκυκλαδική και Υστεροκυκλαδική εποχή αντιπροσωπεύονται από τα πολλά και σημαντικά ευρήματα από τη Φυλακωπή της Μήλου και τις τέσσερεις ακμαίες διαδοχικές πόλεις που αποκάλυψε σ’ αυτήν η έρευνα. Εκτίθενται σημαντικά δείγματα κεραμεικής με εικονιστικές παραστάσεις ανθρώπων, ζώων, πτηνών ή τερατόμορφων όντων και με πλούσια και πολύχρωμη φυτική διακόσμηση (κρόκοι, κρίνα), σπείρες και δικτυωτά. Τέλος, οι περίφημες τοιχογραφίες της Φυλακωπής με τα χελιδονόψαρα και τα κρίνα, καθώς και τα θράυσματα των γυναικείων μορφών από τελετουργική παράσταση αναγέννησης της ζωής και της φύσης.